La Alcazaba fue levantada por orden del califa Abderrahmán III, sobre las ruinas de una fortaleza anterior en un cerro aislado que domina la bahía. Más tarde fue palacio y fortaleza del primer rey de Almería, Hairan. Durante muchos años permaneció en el más completo abandono.

En el conjunto monumental actual se pueden observar tres recintos diferenciados: los dos primeros responden al diseño musulmán, siendo el tercero de origen cristiano.

El primer recinto parece dominado por jardines. En el extremo más oriental se localiza el Baluarte del Saliente, desde aquí se puede ascender hasta la explanada del Muro de la Vela, llamada así porque allí se levantaba la campana de la vela, que anunciaba diferentes eventos: barcos que entraban en la bahía, peligro, fuego, etc.

En el segundo se encuentra la ciudad palaciega, con edificios como una mezquita, baños, aljibes, tiendas, etc. En él se encuentran las ruinas del palacio árabe de Almotacín.

El tercer recinto fue construido totalmente por los Reyes Católicos. En su plaza de armas se conservan los antiguos aljibes y cisternas. Dominándolo todo, la altiva Torre del Homenaje. Esta fortaleza está unida por fuertes lienzos de murallas al viejo castillo de San Cristóbal.