Fue remodelado por los arquitectos Juan de Vallejo y Francisco de Colonia en 1535. Presenta aspecto de castillo con dos robustas torres a los lados y un arco de triunfo en honor a Carlos V con decoración a modo de fachada-retablo, acompañado de los personajes más significativos de la naciente Castilla. Todo ello presidido por Santa María la Mayor y del Santo Ángel Custodio.

En su interior destaca la sala de la Poridad, lugar de reunión del Concejo de Burgos desde el siglo XVIII. 

La sala principal está presidida por un monumental fresco de Vela Zanetti, restos de yesería mudéjar; en su segunda planta destaca la farmacia del antiguo Hospital de San Juan.

Actualmente es el Centro Cultural Histórico Artístico además de sala de exposiciones.