El carácter regio de San Juan de los Reyes se aprecia en la calidad artística, quizás la mejor obra del gótico isabelino, además de su grandilocuencia propagandística.

Se construyó por la Orden Franciscana por encargo de los Reyes Católicos al arquitecto Juan Guas para conmemorar la victoria en la Batalla de Toro en 1476.

Monumento gótico más importante de la ciudad después de la Catedral. Consta de una nave única o planta de salón, de cincuenta y seis metros de largo. Sobre la puerta de la antigua portería hay un bello grupo escultórico del siglo XV y un ábside ricamente decorado. El escultor Egas Cueman colaboró decisivamente en la decoración del conjunto.

En el interior los pilares están recubiertos de arabescos, el friso está compuesto por una gran inscripción gótica conmemorando la fundación. El retablo plateresco de la capilla mayor procede del Hospital de Santa Cruz. Fue realizado por Antonio de comontes, mostrando las armas del cardenal Mendoza, fundador del Hospital. Encontramos en el retablo las escenas de: Jesus camino del Calvario; el Descendimiento; Santa Elena con los milagros de la Cruz.

En la parte más meridional de la iglesia se sitúa el Claustro, cuyas columnas están esculpidas y labradas con bellas estatuas de santos.