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La Zaragoza medieval deja paso a una ciudad esplendorosa en la Edad Moderna. Capital del reino de Aragón, y por tanto residencia de sus reyes, el matrimonio de Fernando el Católico con Isabel de Castilla. Más tarde se unirán ambos reinos, aunque durante mucho tiempo mantendrán separados sus instituciones y fueros particulares. En los siglos XVII y XVIII, la situación de crisis generalizada contrasta con un rico programa artÃstico e intelectual.
En 1610 tiene lugar la expulsión de los moriscos de todos los Reinos y Estados de la Corona de España, por Felipe III, lo que repercutió en el Reino de Aragón con casi 70.000 exiliados.
En lo polÃtico sufre las consecuencias del absolutismo, que acabó con la decapitación del Justicia Mayor, Juan V de Lanuza bajo el reinado de Felipe II, pero la dependencia aragonesa del poder central cada vez será mayor hasta 1711 con el Decreto de Nueva Planta.
El crecimiento demográfico y la expansión urbana que se acrecentaron en lo años siguientes se vieron favorecidos por la expansión económica y por la inmigración, que permanecerá hasta el siglo XVII.
En el siglo XVIII, la Sociedad Económica de Amigos del PaÃs de Zaragoza elaborará una serie de proyectos de relanzamiento de la economÃa zaragozana, fruto de los aires ilustrados de renovación. El crecimiento demográfico de la ciudad la lleva a rebasar los 40.000 habitantes durante el reinado de Fernando VII, tendencia que será acrecentada en los años siguientes gracias a la industrialización, que convertirá Zaragoza en un polo de atracción para la emigración interior.