La historia de la Catedral coincide con un periodo de luchas y disputas internas dentro del seno de la Iglesia. El final de siglo XV y el siglo XVI va ligado a una época de ebullición. Coincidió con una ola de expansión islámica, España tomó entonces sobre sí la defensa de lo que consideraba unidad cristiana, promoviendo la Reforma Católica, culminada en Trento.

"Primero se persigue a los judíos; luego, viene la persecución de los erasmistas; y más tarde, se va contra la reforma luterana”. Con causas fundadas en cambio de actitudes económicas y planteamientos hacendísticos de la época. Ello condicionó profundamente la mentalidad popular y marcó a España singularmente frente al resto de Europa. Entre los años que van de 1492 a 1504, entre el descubrimiento de América y la muerte de Isabel la Católica se produjeron cambios de enorme importancia para la política y la sociedad de los reinos peninsulares.

Pero hay otro acontecimiento histórico que utilizamos para explicar estos hechos como es el triunfo asociado a la expulsión de los judíos, pueblo que sufría el ostracismo una vez que los reinos de lo Reyes Católicos ya contaban con poderosos competidores de los hebreos.

Mientras tanto, la superpotencia otomana extendía su dominio sobre el mediterráneo hacia el centro de Europa. La lucha empeoró con la escisión protestante y las consiguientes guerras entre los europeos. Sorprende como un país con desventajas como menor población, ausencia de una administración centralizada o falta de suelos y agua pudo sostener durante un siglo y medio una lucha agitadora, marcando los límites de la expansión otomana francesa y protestante, creando a su paso un abrillante cultura.