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Im 13. Jh. verbreiten sich neue architektonischen Stilrichtungen durch Europa. Der Bischof Maurizio wohnte der Hochzeiten Alfons VI. in Fankreich und Ferdinands III. in Deutschland bei. Nach seiner Rückkehr gab er den Aufbau einer größeren Kathedrale auf dem Gelände der ehemaligen Kathedrale in Auftrag.
Burgos wurde vom König Alfons III. von León erobert und unter Ferdinand I. erlangte sie das Status von Hauptstadt des Reiches. Unter Alfons VI. setzte sie als Bischofssitz fest und wurde Hauptachse auf dem Jakobsweg. Während der Herrschaftszeit der Katholischen Königen erlebte Burgos dank ihres florierenden Wollhandels, besonders auf dem Handelsweg mit Bilbao, ihrer größten wirtschaftlichen Aufschwung.
Ende des 16. Jahrhunderts, genau ab 1575, erfuhr die Stadt ihre Niedergang. Anlaß dafür war die Dekadenz des Handelsweges Medina del Campo-Antwerpen, was den Ruin der Wollexporte verursachte. Dieser Tatsache muss man die Kriege gegen Flandern, die Entdeckung Amerikas, den monarchischen Zentralismus in Madrid und die verschiedenen Pest, die die Stadt angriffen und die Bevölkerung verminderten, hinzufügen. Im 17. Jh. war Burgos praktisch unbewohnt und erst bis dem Ankommen des Aufgeklärten Absolutismus Ende des 18. Jh. begann sie nicht ihre einstige Pracht wiederzuerlangen. Im 19. Jh. wurde sie ins Zentrum von Agrarhandel gedrängt.
Während des spanischen Bürgerkrieges (1936 - 1939) war Burgos die Hauptstadt der jüngsten Gobierno Nacional (Regierung des Generals Franco). In der Folge des 20. Jarhunderts, besonders in der 60er Jahren, nahm ihre Industrie ständig zu.